No Windows, se você estiver executando o Tomcat como um serviço, provavelmente terá uma chave semelhante a
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Apache Software Foundation\Procrun 2.0\myApplication\Parameters\Java
(pelo Regedit do windows)
Defina o valor da sequência options(clique duas vezes para abrir) no final da existente como:
-Djava.io.tmpdir=(caminho que definir para a nova pasta temp)
Por exemplo:
-Djava.io.tmpdir=E:\Lumera\RTDPJ\temp